Das Qualitätsmanagement (QM) der Inneren Mission führt jährlich interne Audits sowie Kunden- und Mitarbeitende-Befragungen durch. Je nach Leistungsbereich wird nach QMS Reha und ISO 9001:2015 oder durch die Weiterbildung Hessen e.V. zertifiziert.
Gestützt durch softwarebasierte QM-Dokumentation setzt das Team interne Qualitätsanforderungen und das Wissensmanagement um und ist verantwortlich für die Mitarbeiterqualifizierung durch elektronisches Lernen („eLearning“).